Occupée dès le VIIe siècle, la localité doit sa fondation à une princesse nommée Matsingo, selon la tradition. Celle-ci se serait installée sur le site après avoir suivi un coq, donnant au lieu son nom, « Shingo » signifiant « cou » en swahili. Le village devint alors un point d’entrée pour de nombreux clans et le lieu d'introduction de l'islam sunnite chafiite à Mayotte.
Le cartographe ottoman Piri Reis décrit la ville en 1521, qu'il nomme Chin Kuni. Quelques années plus tard, vers 1530, le sultan Aïssa ben Mohamed y établit la capitale du sultanat de Mayotte. Une mosquée royale y est achevée en 1538, accompagnée d'un palais et d'un rempart aujourd'hui disparus. Pourvue d'une médina et de sépultures de style shirazi, la cité prospère alors grâce à l'exportation de vivres et à l'approvisionnement des navires de passage.
Le XVIIIe siècle marque le début de son déclin, précipité par des attaques de pirates et des conflits avec le sultanat d'Anjouan. La chronique locale rapporte sa destruction lors des raids malgaches entre 1790 et 1820, l'année 1795 étant souvent citée. Cependant, des témoignages suggèrent que la ville n'a jamais été totalement abandonnée, ou ne le fut que pour une courte période.
Mentionné à l'état de ruine en 1841, le site est de nouveau occupé durablement à partir des années 1850, et sa mosquée est rénovée. Une forte expansion urbaine et une densification rapide s'amorcent ensuite à partir des années 1980, bien qu'un quartier historique, délimité vraisemblablement par l'ancien rempart, reste identifiable.